Белок - нуклеиновые контакты

 

    Структуры комплекса белка и нуклеиновой кислоты

    Исходный PDB файл и файл биологической единицы комплекса практически совпали; отличия состоят в том, что в файле биологической единицы молекулы воды иначе пронумерованы, поле REMARK меньше по размеру и нет некоторых полей; структуры исследуемого комплекса одни и те же.

 

    Исследование контактов между молекулами белка и нуклеиновой кислоты

 

 

Полярные

Гидрофобные

Всего

Контакты белка с ...

 

 

 

... остатками 2'-дезоксирибозы

2

0

2

... остатками фосфорной кислоты

17

0

17

... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки

5

12

17

... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки

0

0

0

 

    Специфические контакты узнавания сайта ДНК

 

    Аминокислоты белка Asn262, Arg263, Ala265, Ala266, Ser269, Arg270 контактируют с ДНК специфическим образом. Белок узнаёт нуклеотидную последовательность

5'-TGACTCA-3' одной цепи ДНК и комплементарную ей последовательность 5'-TGAGTCA-3' другой цепи ДНК.

 

   

   

 

    Функции исследуемого белка

 

    Белок JUN_HUMAN является фактором транскрипции AP1. Распознаёт и связывается с мотивом 5'-TGA[CG]TCA-3'. Локализован в ядре. Принадлежит bZIP белковому семейству, Jun подсемейству. Фосфорилирование ускоряет процесс транскрипции. Фосфорилируется PRKDC.




   Jun – подобный фактор транскрипции

   bZIP фактор транкрипции


   bZIP фактор транкрипции


   Эукариотические факторы транскрипции basic-leucine zipper (bZIP) – это белки, содержащие основные участки узнавания специфицеских последовательностей ДНК, идущих после участка, богатого лейцином, необходимым для димеризации белка.


                                                                                                                                                                     
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                    
Y A P 4 _ Y E A S T   :   G K P L R N T K R A A Q N R S A Q K A F R Q R R E K Y I K N L E E K S K L F D G L M K - - - - E N S E L K K M I E S L K S K L K E   :   6 1
C R E B 2 _ B O V I   :   E A A R K R E V R L M K N R E A A R E C R R K K K E Y V K C L E N R V A V L E N Q N K T L I E E L K A L K D L Y C - - - - H K S D   :   6 1
A T F 1 _ H U M A N   :   D P Q L K R E I R L M K N R E A A R E C R R K K K E Y V K C L E N R V A V L E N Q N K T L I E E L K T L K D L Y S - - - - N K S V   :   6 1
C R E M _ H U M A N   :   E A T R K R E L R L M K N R E A A K E C R R R K K E Y V K C L E S R V A V L E V Q N K K L I E E L E T L K D I C S - - - - P K T D   :   6 1
C R E B A _ D R O M   :   E K S L K K I R R K I K N K I S A Q E S R R K K K E Y M D Q L E R R V E I L V T E N H D Y K K R L E G L E E T N A N L L S Q L H K   :   6 5
E M B P 1 _ W H E A   :   E R E L K R E R R K Q S N R E S A R R S R L R K Q Q E C E E L A Q K V S E L T A A N G T L R S E L D Q L K K D C K T M E T E N K K   :   6 5
C P R F 1 _ P E T C   :   D R D L K R E R R K Q S N R E S A R R S R L R K Q A E A E E L A I K V D S L T A E N M A L K A E I N R L T L T A E K L T N D N S R   :   6 5
G B F 3 _ A R A T H   :   E R E L K R E R R K Q S N R E S A R R S R L R K Q A E T E E L A R K V E A L T A E N M A L R S E L N Q L N E K S D K L R G A N A T   :   6 5
T A F 1 _ T O B A C   :   E R E L K R E K R K Q S N R E S A R R S R L R K Q A E A E E L A I R V Q S L T A E N M T L K S E I N K L M E N S E K L K L E N A A   :   6 5
G B F 2 _ A R A T H   :   E K E V K R E K R K Q S N R E S A R R S R L R K Q A E T E Q L S V K V D A L V A E N M S L R S K L G Q L N N E S E K L R L E N E A   :   6 5
C P R F 3 _ P E T C   :   E R E L K R Q R R K Q S N R E S A R R S R L R K Q A K S D E L Q E R L D N L S K E N R I L R K N L Q R I S E A C A E V T S E N H S   :   6 5
G B F 1 _ A R A T H   :   E R E L K R Q K R K Q S N R E S A R R S R L R K Q A E C E Q L Q Q R V E S L S N E N Q S L R D E L Q R L S S E C D K L K S E N N S   :   6 5
H B P 1 A _ W H E A   :   E R E L K K Q K R K L S N R E S A R R S R L R K Q A E C E E L G Q R A E A L K S E N S S L R I E L D R I K K E Y E E L L S K N T S   :   6 5
G B F 4 _ A R A T H   :   K A A A Q R Q K R M I K N R E S A A R S R E R K Q A Y Q V E L E T L A A K L E E E N E Q L L K E I E E S T K E R Y K K L M E V L I   :   6 5
J U N _ C H I C K /   :   Q E R I K A E R K R M R N R I A A S K C R K R K L E R I A R L E E K V K T L K A Q N S E L A S T A N M L R E Q V A Q L K Q K V M N   :   6 5
J U N B _ H U M A N   :   Q E R I K V E R K R L R N R L A A T K C R K R K L E R I A R L E D K V K T L K A E N A G L S S T A G L L R E Q V A Q L K Q K V M T   :   6 5
J R A _ D R O M E /   :   Q E K I K L E R K R Q R N R V A A S K C R K R K L E R I S K L E D R V K V L K G E N V D L A S I V K N L K D H V A Q L K Q Q V M E   :   6 5
C P C 1 _ N E U C R   :   D P S D V V A M K R A R N T L A A R K S R E R K A Q R L E E L E A K I E E L I A E R - - - - - - - D R W K N L A L A H G A S T E -   :   5 7
G C N 4 _ Y E A S T   :   E S S D P A A L K R A R N T E A A R R S R A R K L Q R M K Q L E D K V E E L L S K N - - - - - - - Y H L E N E V A R L K K L V G E   :   5 8
Y E N 5 _ Y E A S T   :   A K A W K R A R L L E R N R I A A S K C R Q R K K M S Q L Q L Q R E F D Q I S K E N T M M K K K I E N Y E K L V Q K M K K I S R L   :   6 5
A T F 4 _ H U M A N   :   E K L D K K L K K M E Q N K T A A T R Y R Q K K R A E Q E A L T G E C K E L E K K N E A L K E R A D S L A K E I Q Y L K D L I E E   :   6 5
B Z L F 1 _ E B V /   :   E C D S E L E I K R Y K N R V A S R K C R A K F K Q L L Q H Y R E V A A A K S S E N D R L R - - - L L L K Q M C P S L D V D S I I   :   6 2
                                                  N       a       R   4               l                     n                                                        

 

    Построение схемы контакта белка и ДНК

 

   

 

На главную страницу третьего семестра

©Дмитрий